マイナポータルで確定申告の証明書を連携準備する手順と、反映されないときの確認先

確定申告の証明書連携は、本人認証と発行元の設定を済ませ、対象年分の取得状況と不足資料を確認して準備します。

連携設定が終わっても、証明書の発行や申告書への取込まで終わったわけではありません。給与には勤務先側の提出条件と本人の取得希望登録があり、家族分には代理人設定が必要です。特に家族の医療費通知情報は、ほかの控除証明書とは別の権限を設定します。

• この記事で分かること：証明書別の条件、事前準備画面の操作順序、表示別の対処、給与の追加登録、家族分の権限設定、2026年分（令和8年分）の準備時期
• 対象外：個別の控除適否・税額計算、発行会社ごとの詳細操作、端末ごとの対応OS・機種判定、暗証番号の条件・ロック解除、申告画面ごとの手入力操作

編集部が国税庁・デジタル庁・マイナポータルの公開情報をもとに、中立に整理しています。参照日は2026年10月6日です。公式ページの対象年分と更新日を照合してください。令和7年分の案内を、令和8年分の提供時期や申告画面にそのまま当てはめないよう注意が必要です。

結論：証明書の連携準備は「認証・対応先・取得確認」の3つ

国税庁の「作成コーナーでマイナポータル連携を利用したい」によると、マイナポータル連携では給与や公的年金の源泉徴収票、医療費や保険料の控除証明書などをデータで取得し、申告書の該当項目へ自動入力できます。事前準備と申告書への自動入力は別の工程です。（出典: 国税庁「作成コーナーでマイナポータル連携を利用したい」、2026年10月参照）

工程	すること	終了を判断する確認点
認証	本人の利用者登録・ログイン	本人のマイナポータルを開ける
対応先の設定	必要な証明書と発行サイトを選び、外部サービス・発行元を連携	外部サイトとの連携と証明書の発行設定が済んでいる
取得確認	証明書の取得状況を確認	対象年分のデータが取得できる
申告書への取込	確定申告書等作成コーナーで取得データを使用	該当項目への反映と不足・重複を確認できる

取得状況の確認方法は外部サイトによって異なります。e-Taxの一部証明書などでは、マイナポータルの「完了」ではなく外部サイトの「取得状況」を確認します。（出典: マイナポータル「07 確定申告の事前準備」、2026年10月参照）

連携できる証明書と対応先を確認する

国税庁は連携可能な発行主体を公開しています。「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」を開き、まず証明書の種類、次に発行元を照合してください。対応していない保険会社等の証明書は、連携による取得ができません。（出典: 国税庁「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」／国税庁「作成コーナーでマイナポータル連携を利用したい」、2026年10月参照）

控除関係は「証明書の種類」と「発行元」を組み合わせて確認

• 医療費通知情報
• 寄附金関係（ふるさと納税など）
• 生命保険料・地震保険料の控除証明書
• 国民年金保険料等・国民年金基金掛金・小規模企業共済等掛金の控除証明書
• 住宅ローン控除関係の証明書・情報

対象の全体像は国税庁の「マイナポータル連携で自動入力！」で確認できます。実際の取得準備では、自分の証明書の名称と発行元を照合してから選択します。（出典: 国税庁「マイナポータル連携で自動入力！」、2026年10月参照）

収入関係は証明書別に提供条件を確認

証明書・情報	確認する条件	確認する相手・場所
給与所得の源泉徴収票情報	勤務先のオンライン提出などの条件と、本人の情報取得希望登録	勤務先の給与・年末調整担当、e-Taxマイページ
公的年金等の源泉徴収票	発行元の電子交付・連携対応。対象の場合はねんきんネットとの連携	年金の発行元、取得状況画面の外部サイト
特定口座年間取引報告書	証券会社等の電子交付と送達サービスの対応・設定	契約先の証券会社等
生命保険・損害保険の一時金や年金等の支払調書	保険会社の対象調書、電子交付・送達サービスの対応・設定	契約先の保険会社

給与以外を一括して「税務署への電子提出が条件」と扱わないでください。各発行元の電子交付・送達サービスの対応条件を確認します。給与のオンライン提出条件、年金のねんきんネット連携、本人の取得希望登録は国税庁の事前準備案内に記載されています。（出典: 国税庁「作成コーナーでマイナポータル連携を利用したい」、2026年10月参照）

事前準備に必要なマイナンバーカード・認証手段

マイナポータル公式の家族名義の証明書に関するFAQによると、代理人も委任者も、それぞれ本人のマイナンバーカードで利用者登録を行います。家族分を扱う場合も、申告者だけがログインできればよいわけではありません。（出典: マイナポータル「家族名義の控除証明書等を確定申告書等作成コーナーに連携したいのですが、手順がわかりません。」、2026年10月参照）

スマートフォンとパソコンでは、先にログイン経路を決める

利用者登録の入口は、「ログイン・利用者登録」の操作マニュアルです。スマートフォンで進める場合も、パソコンで申告書を作る場合も、先にこの項目から自分の利用方法の手順を開き、ログインまで確認してください。（出典: マイナポータル「ログイン・利用者登録」、2026年10月参照）

利用する環境	準備時の確認事項	進めない場合
スマートフォンで準備・申告	端末で利用するログイン方法を選び、アプリやカード読み取りなど、選んだ方法の準備を確認	証明書の設定に進む前に、ログイン手順と画面の案内を照合
パソコンで準備・申告	パソコン上の操作と本人認証の操作を分けて確認し、利用する認証方法を決める	スマートフォンでログインできることだけで、パソコンの準備完了と判断しない
家族分も取得	申告者と家族がそれぞれ本人登録・認証できる環境を確保	家族分の設定で、誰の登録が未完了かを確認

• 本人のマイナンバーカードと、認証に使う本人の暗証番号を用意する
• カードと電子証明書の有効期限を確認する
• 家族分を扱う場合は、家族本人が登録・認証に対応できる機会を確保する
• 取得したい証明書の名称、発行元、対象年分を控える

マイナポータルで証明書の連携準備を進める手順

マイナポータルの「07 確定申告の事前準備」では、証明書の選択、外部サイトとの連携、発行設定、取得状況の確認を順に行います。外部サービスを接続した後、発行元側の設定まで進めてください。（出典: マイナポータル「07 確定申告の事前準備」、2026年10月参照）

1．ログイン後の「確定申告」から事前準備を開く

ログイン後トップページで「確定申告」を押し、「証明書等の取得をはじめる」を選びます。過去に取得状況画面まで進んだ場合は、「証明書等の取得状況を確認する」に変わります。その場合は取得状況の確認から再開します。（出典: マイナポータル「07 確定申告の事前準備」、2026年10月参照）

2．証明書と発行サイトを選ぶ

必要な証明書にチェックを付けます。「＋選択」のラベルがあるものは発行サイトを選んで「OK」を押し、選択内容を確認して「次へ」へ進みます。医療費は自動で選択されます。（出典: マイナポータル「07 確定申告の事前準備」、2026年10月参照）

3．「取得」から外部サービスを連携する

取得状況の確認画面で、準備する発行サイトの「取得」を押します。外部サイトとの連携が未完了なら同意確認へ進みます。「お知らせを受け取り、マイナポータルに表示する」が表示された場合はチェックを入れ、「同意して次へ」を押して外部サイトの操作を行います。（出典: マイナポータル「07 確定申告の事前準備」、2026年10月参照）

4．連携完了後、発行元で証明書の発行設定をする

「外部サイトとの連携完了画面」が表示されたら、「証明書等の取得をはじめる」を押します。外部サービスまたは発行サイトの案内に従って証明書の発行操作を行い、戻るボタンが表示された場合はマイナポータルへ戻ります。e-Taxで操作した場合は、別タブの取得状況画面へ切り替えて画面を更新します。（出典: マイナポータル「07 確定申告の事前準備」、2026年10月参照）

5．取得状況を確認して申告書作成へ進む

結果	次の操作
必要な証明書が「完了」	「e-Taxで確定申告をはじめる」へ進み、申告書への反映を確認
「未完了」「処理中」が残る	表示別の分岐表で、設定不足か発行待ちかを確認
MyPost、e-Taxの住宅借入金等特別控除証明書以外	外部サイトで「取得状況」を確認
証明書を追加したい	「証明書等を選択する」から選択画面へ戻る

上記は公式マニュアルの取得状況確認・申告開始の案内に沿った分岐です。（出典: マイナポータル「07 確定申告の事前準備」、2026年10月参照）

給与を取得する人は、e-Taxマイページの追加登録も行う

国税庁の案内では、給与所得の源泉徴収票情報を取得する場合、e-Taxのマイページで情報取得希望を登録する必要があります。マイナポータルの証明書選択だけで済ませないでください。（出典: 国税庁「作成コーナーでマイナポータル連携を利用したい」、2026年10月参照）

取得状況画面からe-Taxの外部サイトへ進み、マイページで給与所得の源泉徴収票情報の取得希望を登録します。詳細は上記FAQ内の「利用者が行う手続き等・事業者が提出する給与所得の源泉徴収票」の案内で確認してください。登録後はマイナポータルの取得状況画面に戻って更新し、e-Tax側で対象年分の取得状況を確認します。（出典: 国税庁「作成コーナーでマイナポータル連携を利用したい」／マイナポータル「07 確定申告の事前準備」、2026年10月参照）

証明書が反映されないときの切り分け方

同じ「未完了」でも、サービスによって意味が異なります。マイナポータルの公式マニュアルでは、ふるさと納税サイトの「未完了」に発行待ちも含まれる一方、ふるさと納税以外のe-私書箱では発行待ちを「処理中」と表示します。（出典: マイナポータル「07 確定申告の事前準備」、2026年10月参照）

症状・表示	確認と次の行動	相談先の区分
発行元を選べない	発行主体一覧で種類・発行元を照合。対象外なら連携に固執しない	証明書発行元
ふるさと納税サイトで「未完了」	外部連携、発行設定、発行待ちの順に確認	利用した発行サイト
「処理中」	発行設定が済んでいるかと、発行元の提供時期を確認	証明書発行元
給与情報がない	勤務先の提出条件、本人の取得希望登録、対象年分を確認	勤務先の給与担当／e-Taxの操作窓口
取得済みだが申告書への取込で困る	どの画面で、どの表示になったかを控える	e-Tax・作成コーナーの操作窓口
カード認証で止まる	暗証番号は伝えず、表示状態を控える。再入力を繰り返さない	表示された認証・カード手続きの案内

マイナポータルの設定相談と、申告書作成の操作相談は分けてください。e-Tax側の操作については、マイナポータル「e-Taxの使い方について教えてください」から問い合わせ案内へ進みます。（出典: 国税庁「作成コーナーでマイナポータル連携を利用したい」／マイナポータル「家族名義の控除証明書等を確定申告書等作成コーナーに連携したいのですが、手順がわかりません。」、2026年10月参照）

問い合わせ前に控えるチェックリスト

• 証明書名：画面や手元の書類に記載された正式な名称
• 発行元：保険会社、証券会社、勤務先などの名称
• 対象年分：申告したい年分と、表示されたデータの年分
• サービス名：e-Tax、e-私書箱、MyPostなど、止まった画面のサービス名
• 表示状態：「未完了」「処理中」「完了」、エラー文などをそのまま控える

「連携できない」だけでなく、この組み合わせを伝えると、設定不足・未発行・取込段階の問題を区別しやすくなります。暗証番号はチェックリストに含めません。

年間の医療費通知情報は、対象年分の取得開始日を確認

国税庁の令和4年分の案内では、申告年分の1月から12月までの医療費通知情報は、例年、原則2月9日に取得可能になるとされています。これは過年度の案内に記載された目安であり、令和8年分の確定日ではありません。令和8年分について公表される公式案内で、年間データの取得開始日を確認してください。（出典: 国税庁「マイナポータル連携で医療費通知情報を取得できる時期」、2026年10月参照）

デジタル庁の「医療費通知情報に関するお知らせ」も、告知の対象年分を照合するための確認先です。公表された年だけでなく、どの年の診療分について案内しているかを確認してください。（出典: デジタル庁「医療費通知情報に関するお知らせ」、2026年10月参照）

家族分の証明書を取得するための代理人設定

マイナポータル公式の家族名義の控除証明書に関するFAQによると、申告者を「代理人」、証明書の名義人である家族を「委任者」として登録し、家族側でも証明書の取得準備を行います。申告者側の設定だけでは終わりません。（出典: マイナポータル「家族名義の控除証明書等を確定申告書等作成コーナーに連携したいのですが、手順がわかりません。」、2026年10月参照）

共通の準備：本人登録と代理人登録

• 申告者と家族が、それぞれ本人のマイナンバーカードで利用者登録を行う
• 申告者を代理人、家族を委任者として代理人登録を行う
• 「01 委任者を新規登録する」を開き、登録順序と確認画面に沿って進める

本人登録は「ログイン・利用者登録」、代理人登録は上記マニュアルが公式FAQで案内されています。（出典: マイナポータル「マイナポータル連携で家族（配偶者や子ども等）の医療費通知情報を取得する方法を教えてください。」、2026年10月参照）

医療費以外：権限選択に加え、家族側で発行設定をする

申告者側で「確定申告・年末調整への控除証明書提供 ※医療費通知情報を除く」の「委任を受ける」を選択します。その後、家族本人が「確定申告の事前準備」で民間送達サービス等とマイナポータルを連携し、控除証明書等を取得するための事前設定を行います。設定後、申告者が確定申告書等作成コーナーで家族名義の証明書を連携します。（出典: マイナポータル「家族名義の控除証明書等を確定申告書等作成コーナーに連携したいのですが、手順がわかりません。」、2026年10月参照）

医療費：2つの項目で「委任を受ける」を選ぶ

マイナポータル公式の家族の医療費通知情報に関するFAQによると、代理人登録後、申告者側で「医療費通知情報サービス」と「確定申告への医療費通知情報提供」について「委任を受ける」を選択します。この設定が、家族の情報を取得し、確定申告書等作成コーナーなどの外部サイトに提供するための手続きです。（出典: マイナポータル「マイナポータル連携で家族（配偶者や子ども等）の医療費通知情報を取得する方法を教えてください。」、2026年10月参照）

取得したい家族の情報	照合する権限・設定	取得できない場合の確認
医療費以外の控除証明書	「医療費通知情報を除く」の権限と、家族側の取得準備	家族側の外部連携・発行設定を確認
医療費通知情報	「医療費通知情報サービス」「確定申告への医療費通知情報提供」の委任	両方の委任設定と対象年分の取得開始日を確認
取得はできたが作成コーナーで進めない	作成コーナー側の連携・取込状態	下記のe-Tax問い合わせ案内へ

医療費の外部提供設定後、作成コーナー側の操作で止まった場合は、公式FAQが案内する「e-Tax お問い合わせ先」を開き、該当する操作の相談先を選んでください。（出典: マイナポータル「マイナポータル連携で家族（配偶者や子ども等）の医療費通知情報を取得する方法を教えてください。」、2026年10月参照）

秋から申告前までの準備スケジュール

ここで扱うのは、令和8年分の申告を2027年に行うための準備です。下表は編集部の作業整理であり、制度上の締切ではありません。国税庁は発行元と送達サービスの設定反映に時間がかかる場合があるとして、早めの準備を案内しています。（出典: 国税庁「作成コーナーでマイナポータル連携を利用したい」、2026年10月参照）

時期の目安	先に済ませる作業	待つ必要があるもの
2026年秋	ログイン確認、有効期限の確認、発行元の対応確認、外部サービスの設定	令和8年分の年間証明書の発行
年末から申告準備期	給与の取得希望登録、家族の代理人・権限設定、手元の証明書の整理	発行元ごとの提供開始
必要データの提供開始後	取得、申告書への取込、不足・重複の確認	年間医療費データは対象年分の公式案内を確認

秋に完了できるのは主に「取得できる環境づくり」です。年間データが未発行でも、本人登録や外部連携の準備は進められます。提供開始後の確認は反映されないときの分岐表、家族分は証明書別の権限設定を使ってください。

マイナポータルの証明書連携準備でよくある質問

設定するとすぐ申告書へ反映されますか？

即時に反映されるとは限りません。外部サービスの連携、発行元の発行設定、証明書の発行、申告書への取込を分けて確認します。（出典: マイナポータル「07 確定申告の事前準備」、2026年10月参照）

給与情報がない場合、本人の設定だけで解決できますか？

勤務先のオンライン提出などの条件も必要です。本人の取得希望登録だけを繰り返さず、勤務先の給与担当にも提出条件を確認してください。（出典: 国税庁「作成コーナーでマイナポータル連携を利用したい」、2026年10月参照）

年間医療費データを取得したら、資料確認は終わりですか？

年間データの取得と、申告に必要な費用の確認は分けてください。通知の記載内容と手元の領収書などを照合し、申告したい支出が通知に載っているか、金額に相違がないかを確認します。

国税庁の取得時期の案内には、「取得した医療費通知情報に記載されている金額と医療機関等で支払った金額が異なる場合」「連携した医療費通知情報に補てんされる金額がある場合」の関連案内があります。該当する場合は、同ページの「関連する内容」から該当項目を開いてください。（出典: 国税庁「マイナポータル連携で医療費通知情報を取得できる時期」、2026年10月参照）

非対応・発行待ちの証明書がある場合はどう整理しますか？

データを取得できた書類と、取得できない書類を分けて管理します。手元の証明書による入力を検討する場合も、同じ証明書が自動入力済みでないかを先に確認してください。具体的な入力箇所は証明書と対象年分の画面によって異なるため、操作に迷う場合は「e-Tax お問い合わせ先」で相談先を選びます。（出典: マイナポータル「マイナポータル連携で家族（配偶者や子ども等）の医療費通知情報を取得する方法を教えてください。」、2026年10月参照）

資料の状態	手元で区別すること	避けたい失敗
自動入力済み	証明書名・対象年分・反映された金額を記録	同じ書類を手入力で追加する
連携できないが証明書はある	未入力の資料として分け、対応する入力方法を確認	非対応という理由だけで申告資料から外す
データも証明書も未着	発行元への確認事項として分ける	前年の金額や見込み額で補う
提出期限までに届くか分からない	必要資料の入手と申告方法について早めに相談	連携待ちだけを理由に申告準備を止める

期限が近い場合は、発行元に資料の入手方法を確認するとともに、国税庁「確定申告期に多いお問合せ事項Q&A」から申告に関する案内を確認してください。データが届かないことと、申告期限の扱いを同一視しないでください。（出典: マイナポータル「マイナポータル連携で家族（配偶者や子ども等）の医療費通知情報を取得する方法を教えてください。」、2026年10月参照）

前年に連携できていれば、翌年の確認は不要ですか？

前年の成功だけで翌年の取得可否を判断しないでください。対象年分の発行状況を確認し、取得状況画面から作成コーナーへ進みます。（出典: マイナポータル「07 確定申告の事前準備」、2026年10月参照）

出典一覧

本文の操作・条件は以下の公式情報に基づいています。（出典: 国税庁「作成コーナーでマイナポータル連携を利用したい」、2026年10月参照）